En 1991, Patrice Chéreau retrouve l’Odéon-Théâtre de l’Europe pour créer Le Temps et la Chambre, de Botho Strauss, dont il fera un film. Revenant à l’opéra, il met en scène Wozzek d’Alban Berg, dirigé par Daniel Barenboim. Sa rencontre avec le chef d’orchestre le conduit au Festival de Salzbourg où il présente Don Giovanni. Après La Reine Margot, superproduction récompensée par deux prix au Festival de Cannes en 1994 puis par cinq César l’année suivante, le metteur en scène réalise ce qu’il nomme « une trilogie familiale » intimiste (Ceux qui m’aiment prendront le train, Intimité, Son frère). Il engage également plusieurs projets cinématographiques qui, sans aboutir, viennent irriguer sa réflexion sur l’histoire du XXe siècle.

Durant ces années, Patrice Chéreau est également acteur, non seulement dans plusieurs films (Danton, Le Dernier des Mohicans, Lucie Aubrac) mais dans une nouvelle adaptation de Dans la solitude des champs de coton (1995). Huit ans plus tard, il revient au théâtre et inaugure les Ateliers Berthier avec la création de Phèdre. C’est sa première confrontation à l’œuvre de Racine. Toujours présent à l’opéra, il met en scène Cosi fan tutte au Festival international d’art lyrique d’Aix-en-Provence en 2005.